Sebagai orang percaya yang mengemban panggilan dan pengutusan-Nya (Misi Gereja), GPIB menyadari bahwa sebagai suatu lembaga ia tidak dapat mengabaikan pelayanan di dunia ini. Dengan bersumber pada Alkitab dan dalam ketaatan kepada Roh Kudus yang menghendaki agar pelayanan Gereja berlangsung dengan tertib dan teratur (1 Kor. 14:44, 40), tersusun rapih (Efs. 4:16), serta dilatar-belakangi oleh sejarahnya, maka GPIB menata kelembagaannya dengan penyelenggaraan pelayanan, dengan Sistem Presbiterial Sinodal.
Cara penatalayanan dengan Sistem Presbiterial Sinodal selalu menekankan :
- Penetapan kebijakan oleh para Presbiter atas dasar permusyawaratan melalui Persidangan Sinode GPIB, yang pelaksanaannya dijabarkan dalam Sidang Majelis Sinode (tingkat sinodal) dan Sidang Majelis Jemaat (tingkat jemaat)
- Hubungan yang dinamis antara Majelis Sinode dan Majelis Jemaat maupun di antaranya
- Pelaksanaan pelayanan dan pengelolaan sumberdaya gereja serta bersama dan bertanggung jawab di seluruh jajaran GPIB
Bertolak dari pemahaman ini, maka penyelenggaraan pelayanan secara Presbiterial Sinodal hendaknya menjadi tanggung jawab bersama para Presbiter atas kehidupan lembaga GPIB berdasarkan karunia dan talenta yang dipercayakan Tuhan padanya.
Agar cara penyelenggaraan lebih berdayaguna dan berhasilguna, maka perlu dikembangkan wawasan yang utuh dan menyeluruh dalam penanganan terhadap masalah-masalah tidak meratanya pemahaman karena kepelbagaian latar belakang, dengan memperhatikan atau mengantisipasi perkembangan masyarakat dan lingkungannya.